В 1997 году Липецкий факультет приобрел статус филиала.
С 1992 г. введен в практику прием студентов на договорной коммерческой основе при сохранении бюджетных мест.
С 1993 г. Липецкий филиал приступил к подготовке специалистов, получающих второе высшее образование (по специальностям "Бухгалтерский учет и аудит", "Финансы и кредит", с 2009 г. – по специальности «Государственное и муниципальное управление»).
В 1994 г. был создан факультет непрерывного образования (ФНО) для лиц, имеющих среднее специальное образование.
В 2004-2005 гг. была проведена реконструкция филиала, что позволило значительно увеличить площадь учебных аудиторий и привести здание в соответствие с современными требованиями.
В 2005 г. был создан Музей истории Липецкого филиала.
С 2008 г. филиал впервые осуществил набор студентов для обучения по специальности «Маркетинг» и направлениям «Бакалавр экономики», «Бакалавр менеджмента».
С 2010 г. филиал начал подготовку студентов по федеральным государственным образовательным стандартам третьего поколения по направлениям подготовки «Экономика», «Менеджмент» и «Бизнес-информатика».
В 2012 г. в соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации от 22.11.2011 № 2101-р филиал ФГБОУ ВПО ВЗФЭИ в г. Липецке реорганизован в форме присоединения к ФГОБУ ВПО «Финансовый университет при Правительстве Российской Федерации» в качестве структурного подразделения университета (Липецкого филиала Финуниверситета).
С 2012 г. был осуществлен первый набор на программы магистерской подготовки. Подготовка по направлению "Экономика" включает магистерские программы: «Учет, анализ и аудит» (с 2012 г.), «Бухгалтерский учет и финансовый менеджмент», «Корпоративные финансы» (с 2016 г.). Подготовка по направлению «Менеджмент» включает магистерские программы: «Финансовый менеджмент» (с 2012 г.), «Финансовый менеджмент и рынок капиталов» (с 2016 г.), «Управление человеческими ресурсами» (с 2017 г.).
С 2013 г. филиал проводит набор на направление подготовки бакалавриата «Государственное и муниципальное управление».
В 2013 г. состоялся первый выпуск бакалавров.
С 2014 г. осуществляется набор по очной форме обучения.
В 2015 г. состоялся первый выпуск магистров.
С 2017 г. началась подготовка кадров по направлению «Экономика», профиль «Экономическая безопасность хозяйствующих субъектов».
В сентябре 2017 г. с целью привлечения талантливой молодежи к научно-исследовательской работе в филиале создано Студенческое научное общество.
В 2018 году состоялся первый выпуск студентов очной формы обучения.
В 2019 году впервые осуществлен приём студентов на очно-заочную форму обучения по программам бакалавриата и магистратуры.
В 2020 году филиал прошел профессионально-общественной аккредитацию образовательной программы бакалавриата по направлению «Экономика», профиль "Финансы и кредит" (аккредитующая организация "Совет по профессиональным квалификациям финансового рынка"), лицензирование новых образовательных программ и государственная аккредитация образовательной деятельности.
В 2023 году в филиале впервые осуществлен прием на среднее профессиональное образование на базе 9 и 11 классов. Вчерашние школьники всё чаще останавливают свой выбор на колледже при университете. Лицензирование новых образовательных программ прошло по специальности СПО «Банковское дело» и программы бакалавриата по направлению «Прикладная математика и информатика», профиль "Анализ данных".
В 2024 филиал отлицензировал еще одну новую образовательную программу СПО по специальности «Обеспечение информационной безопасности телекоммуникационных систем».
Ежегодно Липецкий филиал организует и проводит международные, всероссийские, межрегиональные научно-практические конференции.
Липецкий филиал Финансового университета из года в год выпускает высококвалифицированных финансистов, экономистов, менеджеров, управленцев различного уровня. Сейчас в стенах филиала обучается почти 1300 студентов по новым образовательным технологиям, которые как никогда востребованы в динамично развивающейся экономике Липецкой области.
Гордость Липецкого филиала Финуниверситета – это его выпускники, работающие во всех отраслях экономики и социальной сферы, на всех уровнях управления региона. Среди них:
- депутаты Государственной Думы Н.И. Борцов и Т.Э. Чепасова;
- депутаты Липецкого городского Совета депутатов И.В. Тиньков, Р.В. Нижегородов;
- заместители главы администрации Липецкой области В.М. Щеглеватых, А.В. Козодеров;
- заместитель главы администрации г. Липецка М.А. Щербаков;
- председатель Контрольно-счетной палаты Липецкой области В.И. Бербенец;
- начальник Контрольно-инспекционного отдела Главного Управления Федерального Казначейства А.И. Бирюков (1993-2003 гг.);
- руководитель Управления Федерального казначейства Минфина РФ по Липецкой области Т.М. Пелипец;
- председатель департамента финансов г. Липецка Т.С. Фадеева;
- руководители банковско-кредитной сферы: Т.А. Божко, А.Н. Торшин, С.В. Бобылева, В.С.Ророха, А.Н. Тихонов, С.В. Кадакин и др.
За 59 лет своей деятельности Липецкий филиал подготовил около 25 тысяч специалистов с высшим образованием.